Una de las partes más fascinantes de Magdalena de Kino es su historia rica y variada, con eventos importantes que ocurren desde hace cientos de años que hace relativamente poco tiempo.
Magdalena de Kino, originalmente llamado Buquivaba, fue visitado por primera vez por los europeos en 1540, cuando el Explorador español Francisco Vázquez de Coronado llegó a la zona. Desde entonces, mucho ha cambiado aquí.
Buquivaba se estableció como sede del condado de Juan Batista Escalante en la década de 1600, y por los misioneros católicos del siglo mediados comenzó a aparecer, cuando el sacerdote católico Pedro Pantoja llegó.
Misionero jesuita Eusebio Francisco Kino llegó a la zona en 1688 y fundó la misión de Santa María de Magdalena de Buquivaba. La misión de adobe se terminó en 1691, pero posteriormente fue destruida durante rebeliones indígenas y reconstruido varias veces.
Como nota al margen, la mayor parte de las ruinas de las misiones originales Jesuita de adobe fueron destruidas cuando las iglesias misioneras actuales fueron construidos por los misioneros franciscanos. Hay un sitio cerca de Heroica Caborca, San Valentín del Bizani, donde todavía existen ruinas de una misión original de Kino.
La iglesia actual, ahora conocida como la Iglesia de Santa María Magdalena, fue construido en 1950. Se encuentra en la Plaza Monumental, que en lados adyacentes tiene la tumba del Padre Kino y una estatua en honor del hijo nativo de Magdalena Luis Donaldo Colosio Murrieta, candidato a la presidencia nacional que fue asesinado en 1994 mientras hacía campaña en Tijuana.
Colosio y su esposa Diana Laura están sepultados en el mausoleo de Colosio, en la ciudad cementerio Magdalena. El mausoleo es un enclave arquitectónico tan impresionante que tiene en exhibición una estatua de bronce de Luis Donaldo y Diana Laura, con algunos de sus más famosas frases mostradas. En la planta baja, donde están enterrados los cuerpos, es una sala de estar con una colección de fotografías, pinturas, documentos y otros recuerdos.
